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牙龈卟啉单胞菌是口腔常见的产黑色素菌种，其外膜蛋白、菌毛和产生的胰酶样蛋白酶是主要的毒性基因，被认为是成人牙周炎的重要病原菌。此外，放线菌属中的衣氏放线菌、内氏放线菌，拟杆菌属的福赛拟杆菌，普氏杆菌及梭杆菌都被认为与牙周炎有关。