该项目在招标投标过程中的不妥之处如下：
（1）不妥之处：决定对该项目进行施工招标。
理由：本项目施工图纸正在审查阶段，不具备施工招标的必要条件，因而尚不能进行施工招标。
（2）不妥之处：招标人委托咨询单位编制了两个标底。
理由：不应编制两个标底，《招标投标法》规定，一个工程只能编制一个标底，不能对不同的投标单位采用不同的标底进行评标。招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人。对潜在投标人或者投标人采取不同的评标标准，属于以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人。
（3）不妥之处：招标人对投标单位就招标文件提出的所有问题作了书面答复后组织各投标单位进行了现场踏勘。
理由：现场踏勘应安排在书面答复投标单位提问之前，因为投标单位对施工现场条件也可能提出问题。
（4）不妥之处：招标人宣布有B、C、D、E四家承包商投标。
理由：招标人不应仅宣布四家承包商参加投标。按惯例，虽然承包商A在投标截止时间前撤回投标文件，但仍应作为投标人宣读其名称，但不宣读其投标文件的其他内容。
（5）不妥之处：评标委员会委员由招标人直接确定。
理由：评标委员会委员不应全部由招标人直接确定。按规定，评标委员会中的技术、经济专家，一般招标项目应采取从专家库中随机抽取方式，特殊招标项目可以由招标人直接确定。本项目显然属于一般招标项目。
（6）不妥之处：双方于10月13日签订了书面协议。
理由：订立书面合同的时间过迟。按《招标投标法》的规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日（不是中标人收到中标通知书之日）起30日内订立书面协议，而本案例已超过30日。
（7）不妥之处：招标人在国家级报刊发布招标公告。
理由：依法必须进行施工公开招标的工程项目，应当在国家指定的报刊、信息网络或者其他媒介上发布招标公告。
（8）不妥之处：8月10～11日在招标人总工程师室领取招标文件。
理由：自招标文件出售之日起至停止出售之日止，最短不得少于5日。
（9）不妥之处：招标人没收A的投标保证金。
理由：在投标截止日期之前，投标人有权撤回已经送达的投标文件。投标人在投标截止日期之前放弃投标，招标人不得没收其投标保证金。

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