本题考查非同一控制下企业合并取得长期股权投资的会计处理。甲公司取得乙公司持股比例为60%，能够控制乙公司，应将该投资作为长期股权投资核算，选项A当选；非同一控制下企业合并取得长期股权投资的初始投资成本为付出对价的公允价值，即9000×5=45000（万元），选项B不当选，误将支付的审计费计入初始投资成本；为发行股票向证券承销机构支付的发行费应冲减资本公积，选项C当选；为企业合并支付的审计费应计入当期损益（管理费用），选项D当选。