牙菌斑的基本结构从里到外共分为三层：表层又称为外层，其结构疏松，细菌组成复杂，变化较大，同时含有食物残渣、上皮细胞等；中间层是牙菌斑最厚的一层，可见由丝状菌、球菌、杆菌形成的栅栏状结构，是牙菌斑的主体；基底层是牙菌斑紧靠牙面的一层无细胞的均质性结构。