替牙期特别是替牙后期，机体处于生长发育快速阶段，唇腭裂术后对上颌牙弓与颌骨发育的抑制作用也逐渐表现出来，此期可采用上颌前牵引方法促进上颌骨向前生长，矫治上颌骨矢状向发育不足。
很多患者由于种种原因错过了早期正畸治疗，到恒牙期已出现明显上颌骨发育受限。此时可进行常规固定正畸治疗，矫治目的是继续进行上颌前牵引，扩大并调整上颌牙弓形态，排齐牙列，整平（牙合）曲线，建立良好的咬合接触关系。
乳牙期除下颌功能性移位引起前牙或后牙反骀需要进行早期矫治外，主要着重于定期观察患儿牙弓与颌骨的生长发育，建议患儿2岁以后每6~12个月复诊1次。另外，还应配合儿童口腔医师进行定期的牙齿防龋治疗及口腔卫生宣教工作。
对于部分唇腭裂患者，唇腭裂手术后继发严重的颌骨畸形，表现为面中部明显凹陷，全牙列反（牙合）。对这类患者单靠正畸手段难以达到效果，需在生长发育完成后接受正畸正颌联合治疗。
唇腭裂序列治疗中的正畸治疗包括以下内容：婴儿期整形治疗、乳牙期及替牙期的正畸治疗、植骨术前正畸治疗、恒牙初期的正畸治疗、正畸正颌外科联合治疗。