胆道感染常由于胆道结石和肿瘤等引起的胆道狭窄而导致胆管完全或不完全梗阻，梗阻后胆管内压力升高，胆管扩张，胆管内致病菌繁殖生长，导致感染。梗阻和感染使胆管壁充血、水肿、增厚，黏膜溃疡，胆道出血；胆管腔内充满脓性胆汁或脓液，脓性胆汁和细菌可逆行人肝窦，造成肝脏急性化脓性感染，并发多发性胆源性细菌性肝脓肿。少数可发生脓性胆栓穿越破碎的肝细胞进入肝静脉，再进入肺，引起肺胆砂性血栓。大量细菌和毒素进入血液，可发展成败血症、感染性休克、急性胰腺炎和多器官功能衰竭。