氯氮平使用最大缺点是对骨髓造血功能的抑制，白细胞减少发生率约2%～3%，可进一步发展为粒细胞缺乏。粒细胞缺乏可见于治疗中的任何时候。老人、女性躯体病、同时服用其他潜在的骨髓抑制药、基础白细胞计数较低或波动较大者为高危人群。治疗早期白细胞计数常有明显波动，升高或降低，不一定是粒细胞缺乏或败血症。如白细胞降至3000/mm，或粒细胞降到1500/mm应停药。定期对血常规和白细胞分类检查有一定意义，如白细胞进行性减少或核右移应提高警惕。如患者出现发烧、咽炎等感染症状或明显疲劳而无其他原因时，应立即查血。如确诊为粒细胞缺乏，应停药并积极治疗。