淋球菌主要侵犯黏膜，尤其对单层柱状上皮和移行上皮形成的黏膜有亲和力。感染后，淋球菌侵入男性前尿道、女性尿道及宫颈等处，通过其表面菌毛含有的黏附因子黏附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，并沿生殖道上行。柱状上皮细胞的吞噬作用使淋球菌进入细胞内繁殖，导致细胞溶解破裂，进入黏膜下层。