毛果芸香碱可治疗开角型青光眼（单纯性青光眼）。与扩瞳药阿托品交替用，可防止虹膜与晶体粘连。本品口服可用于颈部放射治疗后的口腔干燥，但在增加唾液分泌的同时，汗液也明显增加。用于重症肌无力、进行性肌营养不良、脊髓灰质炎后遗症、儿童脑型麻痹、因神经系统疾患所致感觉或运动障碍、多发性神经炎等。但虹膜睫状体炎患者及孕妇忌用本品。