脂肪酸的β氧化方式是脂肪酸氧化分解的主要方式，主要过程如下：脂肪酸的活化--脂酰CoA的生成（催化此反应的酶为脂酰CoA合成酶）；脂酰CoA转入线粒体（需经肉毒碱载体转运），线粒体内膜外侧含有肉毒碱-且旨酰转移酶Ⅰ，内侧含有肉毒碱-脂酰转移酶Ⅱ，二者为同工酶，此转运过程是脂肪酸氧化的限速步骤，肉毒碱-脂酰转移酶I是限速酶；饱和脂肪酸的β氧化，脂酰CoA进入线粒体基质后从脂酰基的8碳原子开始，经过脱氢、加水、再脱氢和硫解四步连续的酶促反应，脂酰基断裂产生1分子乙酰CoA和1分子比原来少两个碳原子的脂酰CoA。