卡那霉素应用中最重要的不良反应为影响耳蜗神经，患者高频听力首先受损害，以后听力减退逐渐发展至耳聋。耳鸣和耳部饱胀感为早期而重要的脑神经损害的先兆征候。听力减退大多在疗程中发生并继续进展，但停药后仍可能发生，特别在原有肾功能减退者。本药可阻滞神经肌肉接头而引起呼吸抑制、心肌抑制及血压下降等。本药尚可引起暂时性对脑神经功能损害（表现为后1／3味觉丧失）、口周及其他部位的感觉异常、头痛、不安、心动过速、急性脑综合征伴癔病和视觉异常等。本药亦可引起肾脏损害，其对肾脏的毒性低于新霉素而大于链霉素。药热和皮疹并不常见，其发生率在1%～3%；但嗜酸性粒细胞增多症则相当多见，可达10%，尤其当疗程超过1周时。口服偶可引起恶心、呕吐、腹泻，长期服用后可引起吸收不良、脂肪下痢等。本药肌注局部疼痛的发生率较高，一般多能耐受。过敏性休克偶有所见。