根据失调程度不同，原位菌群可分为3类。一度失调是在外环境因素、宿主患病或所采取的医疗措施的作用下，一部分细菌受到了抑制，而另一部分细菌却得到了过度生长的机会，造成某些部位正常菌群的结构和数量发生暂时性的变动。二度失调是指正常菌群的结构、比例失调呈相持状态，不易恢复。三度失调是指原正常菌群大部分被抑制，只有少数菌种占决定性优势。移位菌群失调的横向转移表现为从下消化道向上消化道转移，从上呼吸道向下呼吸道转移。移位菌群失调的纵向转移表现为从皮肤及黏膜表层的细菌向深层转移，从肠道向腹腔转移，经血循环或淋巴循环向远处转移。