由于呼吸性酸中毒的发病原因是呼吸障碍，所以系统往往不能发挥代偿作用。血浆的非碳酸氢盐缓冲系统对增高的碳酸有缓冲作用，并使HCO3-略有增加，但增加很有限，细胞内外离子交换及细胞内缓冲也很有限，主要的代偿措施为肾脏代偿。但肾脏代谢较慢，需要3～5天后才发挥最大代偿效应，所以在慢性呼吸性酸中毒时，肾脏代偿是主要的代偿方式。