正常情况下，当吞咽食物时下端食管括约肌反射性舒张，同时食管产生原发性蠕动促使食物进入胃内。安静状态下，下端食管括约肌保持一定的压力，使下端的食管关闭，防止胃内容物反流到食管。当下端食管括约肌肌细胞缺如、食管蠕动功能障碍时，易发生新生儿胃-食管反流。此外，食管裂孔疝、食管闭锁术后、某些激素的影响也易出现胃-食管反流。