1．急性菌痢
(1)一般治疗 消化道隔离、饮食调整。保证足够水分、电解质及酸碱平衡。
(2)病原治疗 ①喹诺酮类；②复方磺胺甲恶唑(SMZ-TMP)。
(3)对症治疗 高热用退热药及物理降温，腹痛剧烈用解痉药如阿托品及颠茄。毒血症症状严重者，可酌情小剂量应用肾上腺皮质激素。
2．慢性菌痢
(1)全身治疗 如生活规律，适当锻炼，避免过度劳累与紧张，进食富营养易消化少渣无刺激的食物，积极治疗并存的其他慢性疾病。
(2)病原治疗 ①应抓紧做病原菌分离及细菌药物敏感试验，以助合理选择应用有效抗菌药物；②联合应用2种不同类型的抗菌药物，疗程须长，须1~3个疗程；③亦可应用药物保留灌肠疗法。
(3)对症治疗。
3．中毒型菌痢 本型病势凶险，应及时采用综合措施抢救治疗。
(1)一般治疗 同急性菌痢，由于病情变化迅速，故应密切观察病情变化，如意识状态、血压、脉搏、呼吸及瞳孔变化。作好护理工作，减少并发症。
(2)病原治疗 应用有效的抗菌药物静脉滴注，用喹诺酮类或头孢菌素如头孢噻肟。
4．对症治疗
(1)降温镇静。
(2)休克型应积极抗休克治疗。
(3)脑型①脱水；②防治呼吸衰竭。