对于细菌性痢疾的防治主要采用以切断传播途径为主导的综合性防治措施。
1．针对传染源的控制措施 医疗机构的肠道门诊、内儿科门诊或急诊在诊治腹泻病例时，应根据传染病疫情信息报告工作的要求，做好传染病个案的登记和报告。急性患者应隔离治疗，对炊管人员、饮食品制售人员、水源管理人员、托幼机构保教人员等重点行业人群中的患者应立即调离原工作岗位，及时访视管理，并给予全程治疗，直至症状消失后；慢性菌痢和带菌者应定期进行访视管理，慢性菌痢和带菌者一律不得从事上述重点行业工作；获得菌痢暴发疫情或突发公共卫生事件相关信息的责任报告单位和责任报告人，应当在2h内以电话或传真等方式向属地疾病预防控制机构报告，接到疫情报告的疾病预防控制机构，应迅速组织专业人员赶赴现场调查、核实，尽快查明暴发原因，并采取果断措施切断传播途径，防止疫情蔓延。暴发疫情中的密切接触者应进行医学观察，可在小范围内投服抗菌药物进行预防。
2．针对传播途径的控制措施应加强包括水源、饮食、环境卫生，消灭苍蝇、蟑螂及其孳生地在内的综合性防治措施，即做好"三管一灭"，加强饮用水水源和饮水卫生管理，尤其对地面水在夏季和雨季应做好水的卫生指标监测，水源周围50m以内不得有厕所、猪圈、牲畜、垃圾堆等污染源的存在。同时做好饮用水的消毒、患者粪便消毒工作。切实落实食品卫生措施，把好"病从口入"关。
3．针对易感人群的保护措施
(1)日常预防：对饮食制售人员、炊管人员、水源管理人员、托幼机构保教人员等重点行业人群，应至少每年进行一次健康体检及粪便培养，以便尽早发现病例；对新调人的人员必须在上岗前进行健康体检和培训，合格后方可上岗。
(2)免疫预防：2～15岁少年儿童、水源管理人员、托幼机构保教人员、饮食从业人员、经常在外就餐人员、集体就餐人员及痢疾疫点周围人群等重点人群，可口服福氏、宋内痢疾双价活疫苗。
(3)健康教育：通过大办宣传教育，搞好环境和个人卫生，开展以除害防病为中心的爱国卫生运动，认真做好"三管一灭"工作。配合医生、卫生防疫人员的诊治和流行病学调查；大力加强体育锻炼或健身活动，增强体质，提高人体抗病能力。
(4)加强个人防护：进行疫点调查、处理的人员应做好个人防护工作，穿戴防护服、口罩、帽子、防护眼镜、胶鞋、橡胶手套等。
(5)及时对疫区和疫点进行卫生学处理。