1．痢疾疫情一般根据流行病学史、临床症状体征、实验室检查结果综合分析判定。
(1)流行病学史：病人有不洁饮食或与菌痢病人接触史。
(2)临床症状体征
1)急性非典型菌痢：症状轻，可仅有腹泻、稀便。
2)急性普通型（典型）菌痢：急性起病、腹泻（除外其他原因的腹泻）、腹痛、里急后重，可伴发热、脓血便或黏液便、左下腹部压痛。
3)急性中毒型菌痢：发病急，高热，呈严重毒血症症状，小儿起病时可无明显腹痛腹泻症状，常需经灌肠或肛拭做粪检，才发现是菌痢。根据主要临床表现有以下类型：①休克型（周围循环衰竭型）：有感染性休克症状，如面色苍白、四肢厥冷、脉细速、血压下降、皮肤发花、发绀等。②脑型（呼吸衰竭型）：有脑水肿表现，如烦躁不安、惊厥、嗜睡或昏迷、瞳孔改变，甚至出现脑疝、呼吸衰竭。③混合型：同时出现休克型、脑型的症候，是最凶险的一型。
4)慢性菌痢：急性菌痢者病程超过2个月以上为慢性菌痢。
(3)实验室检查
1)粪便常规检查：白细胞或脓细胞≥15/HPF(400倍)，可见红细胞。
2)病原学检查：粪便培养志贺菌属阳性为确诊依据。
确诊病例：具备实验室检查的第2条和"临床诊断病例"中任何一项。
2．急性细菌性痢疾应同其他病因所致的急性腹泻相鉴别。
(1)阿米巴痢疾（又称阿米巴肠病）：阿米巴痢疾是由溶组织内阿米巴寄生于结肠而引起的，因临床上常出现腹痛、腹泻和里急后重等痢疾症状。
(2)沙门菌肠炎：鼠伤寒杆菌、肠炎杆菌等常为其病原，其胃肠型主要临床症状同急性非典型菌痢相似，但粪便多样化，一般抗菌药物疗效差，粪便培养可分离出沙门菌，或从该病的败血症型患者血中培养出致病菌。
(3)副溶血性弧菌肠炎：此种肠炎由副溶血性弧菌（嗜盐杆菌）引起。为细菌性食物中毒中常见的一种类型。其临床特征：有进食海产品或腌渍食品史；同餐者同时或先后迅速发病；主要症状为阵发性腹部绞痛、恶心、呕吐，多无里急后重；粪便呈黏液血性、血水或洗肉水样，有特殊臭味；取患者吐泻物或可疑食物进行细菌培养有确诊价值。
(4)霍乱与副霍乱：病前1周来自疫区，或者与本病患者及其污染物有接触史。突然起病，先泻后吐，常无恶心、腹痛等症状，大便呈米泔样或黄水样。重症病例可致外周循环衰竭。粪便或呕吐物中检出霍乱弧菌或爱尔托弧菌。
(5)空肠弯曲菌肠炎：该病于发达国家发病率高，甚至超过菌痢，主要临床表现与菌痢类似，伴咽痛、肌痛、关节痛、背痛等症状。粪便在微需氧或厌氧环境中培养可检出该菌，或双份血清特异性抗体效价增长4倍以上，有诊断价值。
(6)病毒性肠炎：多由轮状病毒、Norwalk病毒致急性肠道感染，有其自限性，消化道症状轻，粪便镜检无特殊，电镜或免疫学方法检查及病毒或病毒颗粒可确诊，双份血清特异性抗体效价4倍以上增长有诊断意义。
此外，急性菌痢应同肠套叠、耶尔森菌病、产肠毒性大肠杆菌肠炎、类志贺毗邻单胞菌腹泻、亲水单胞菌腹泻等疾病相鉴别。