（一）临床诊断病例 在流行季节发病，常见于学龄前儿童，婴幼儿多见。
1．普通病例 发热伴手、足、口、臀部皮疹，部分病例可无发热。
2．重症病例 出现神经系统受累、呼吸及循环功能障碍等表现，实验室检查可有外周血白细胞增高、脑脊液异常、血糖增高，脑电图、脑脊髓磁共振、胸部X线、超声心动图检查可有异常。
极少数重症病例皮疹不典型，临床诊断困难，需结合实验室检测作出诊断。
若无皮疹，临床不宜诊断为手足口病。
（二）实验室确诊病例 临床诊断病例符合下列条件之一者，即可诊断为实验室确诊病例：
1．自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液、疱疹液、血清以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中分离到人肠道病毒（指包括CVA16和EV71等有明确证据表明可以导致手足口病的人肠道病毒）。
2．自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子等标本中检测到CVA16或EV71特异性核酸，或从脑脊液、疱疹液、血清以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本等标本中检测到人肠道病毒（指包括CVA16和EV71等有明确证据表明可以导致手足口病的人肠道病毒）的特异性核酸。
3．血清标本人肠道病毒特异性中和抗体滴度≥1:256，或急性期与恢复期血清肠道病毒特异性中和抗体有4倍或4倍以上的升高。