到达现场后，如依据初步了解掌握的资料可以判断疾病为暴发或流行时，应立即按以下步骤和方法进行调查。
（一）初步调查
包括以下4个方面的内容：
1．确定诊断：只有及时确定诊断，才能有目的地进行流行病学调查。
在流行病学医生到达现场前，作为第一线的临床医生对一次疫情所发生的病例都有一个初步诊断，但到达现场进行疫情全面调查前，必须对诊断进行核实。核实诊断从三方面考虑：临床、化验和流行病学。多数暴发疫情的患者症状是大同小异，所以初步诊断只要根据部分病人情况即能作出。
病例的诊断主要根据症状和体征，化验检查作为参考。化验阳性者可帮助确诊，阴性者一般也不能否定。同时，更应从流行病学角度来考虑，该病所呈现的人群分布规律（即该病在时间、地点和人群的分布）与疾病的诊断是否符合。
2．疫情发生情况的一般了解：在进行病例诊断的同时，通过与有关人员开座谈会或走访的方法，了解疫情的一般情况，具体如下：
(1)该地区（或单位）的一般情况：单位工作性质？多少人口？分几个工作或劳动单位？几个伙食单位？有无托儿所？有无集体食堂？居住条件及饮用水情况等。
(2)疫情发生的时间过程：什么时间出现首例？什么时间升高？其趋势如何？目前处于什么阶段？过去有无类似此病发生？其发生情况如何？
(3)疫情发生的人群特点：什么人发病多？成人？儿童？与性别和职业有无联系？
(4)疫情在本地区（或单位）的分布情况：哪些单位（居住、工作、伙食）多？哪些单位少？哪些单位没有？周围邻近地区或单位有无类似发病？其程度如何？
(5)初步认为引起该次疫情的可能因素是什么？目前已采取了哪些措施？
3．病例的调查：了解了疫情的一般情况后，应及时对所有患者（包括症状明显及轻症病例）进行调查和登记。调查力求完整，不要遗漏，尤其是首批病人，更应一一查清。调查方法视疫情发生情况可采取约来门诊或进行普查，或两种方法相结合进行。
有些情况下需要进行个案调查，个案调查(case investigation)又称个例调查或病家调查，是指对个别发生的病例、病例的家庭及周围环境进行的流行病学调查。病例一般为传染病病人，但也可以是非传染病病人或病因未明的病例等。个案调查往往是暴发疫情调查的一个组成部分，是流行病学工作者和防疫工作者的基本工作之一。
(1)个案调查的目的：①调查该患者发病的"来龙去脉"，从而采取紧急措施，防止或减少类似病例发生。如为单个传染病病例时，实际即是对疫源地的调查；②核实诊断并进行护理指导；③掌握当地疫情，为疾病监测提供资料。
(2)个案调查的内容：除应调查一般的人口学数据外，还包括核实诊断，确定发病时间、地点、方式，追查传染源、传播因素或发病因素，确定疫源地的范围和接触者，从而指导医疗护理，隔离消毒、检疫接触者和采取宣传教育等措施。
(3)个案调查表：病例调查时，一般需要一个调查表，称为流行病学个案调查表（简称流调表）。其内容根据不同的病种和调查目的各异，但通常应包括如下内容：
1)一般项目：调查清楚病人的概况（姓名、年龄、性别、职业、工作或劳动单位、家庭住址等）。
2)有关临床情况：何时发病？按疾病潜伏期长短或疫情出现时间的急缓准确地问到小时、天、周或旬。发病日期调查准确与否，对以后疫情分析是否能得出正确结论至关重要。有关症状和体征的记录。
3)化验检查结果登记：包括采样时间、标本名称、检查项目、检查结果。
4)流行病学情况：在可能暴露时间内的接触史，可疑饮食史，必要时还应调查病人同家（或同宿舍）总人数、同食堂用餐人数或同一单位工作的人数。
对起病缓、病程较长的疾病，进行一次调查，一般不能完成以上所列项目，还必须在适当时候进行复查。
4．一般资料的收集和调查：在进行病例调查的同时，应收集或调查以下资料：
(1)准确的人口资料：总人口数，按年龄、性别、职业、居住地区、工作单位、伙食单位人口数。有些单位人口流动较大，要查清疫情发生前一段时间内实有人数。此时间相当于从发病高峰向前推一个常见潜伏期，此即为可能暴露时间。
(2)了解可能暴露时间内发病的人与不发病的人、发病的单位与不发病的单位在日常生活上、工作任务上、饮食上有何相同与不同之处。
(3)对周围邻近地区居民或单位进行一般调查，了解其有无类似疫情发生。如无类似疫情发生，了解他们不发生的原因，是否因为他们在日常生活上、工作任务上、饮食习惯上或其他方面有所不同。同时应记录相应的人口数和人口组成情况。
(4)了解该暴发（或流行）疾病在该单位过去历年的发病资料，包括按时间、单位和人间的分布。
5．采取一般性防治措施：在暴发疫情调查之初，对疫情发生的原因尚不清楚的情况下，就应该采取一般性的防治措施，如救治和隔离病人；追踪接触者；进行环境消毒以及加强医务人员的防护等，以防止疫情的进一步播散，保护易感人群，而不应等到疫情发生原因了解清楚以后才采取措施。
（二）初步分析
对初步调查收集来的资料应按以下步骤进行整理分析，提出病因（或流行因素）的初步假设。
1．核对、排除、确诊
(1)在开始分析整理前，应对调查收集来的资料（包括病例调查和一般人口资料）全部一一进行核对，凡调查表上所列项目没有填写完整者，一律补齐。
(2)根据暴发或流行中病例所表现的主要症状、体征和化验指标，结合流行病学指征，定出诊断标准。所有病例均按此标准"过筛"，确定确诊、疑似和排除。不得根据个人主观意见任意确定或否定。
(3)对诊断依据不确凿的疑似病例，或同时期发生的类似病人，如何划入和排除？可按诊断标准中所列的症状和体征及化验结果将确诊病例和疑似病例加以比较，寻求两者间相同或不同点，作为划入或排除的依据。必要时进行相关的统计学检验。
2．综合、归纳、整理：按疾病分布特点加以综合、归纳、整理，制作必要的图表，结合文字对疾病分布加以描述。
(1)疾病的时间分布：按疾病出现时间的急缓或疾病潜伏期的长短，用不同时间单位（小时、日、周、旬）统计疾病，按时间发病分布制表及制图表达之。在短时间内呈暴发流行的疾病，表示时间分布时一般多用直方图，其既能看出疾病按时间发生的数量，又能看出流行趋势。
(2)疾病的地区分布：根据疾病的分布状况，可按地区、单位、部门分别进行统计，算出发病数和发病率，并比较发病率的差别。一般多制表以表达之。同时也可用图标示病例在本地区、单位的分布概况，即所谓标点地图。从中探索疾病的流行因素或病因线索。
(3)疾病的人群分布：统计按年龄、性别、职业发病数及发病率，并比较发病率的差别。一般多制表表达之。
(4)疾病几个指标相结合的分布：可以提供更多有价值的信息。如将不同单位疾病发生的时间综合进行分析，可发现时间分布基本相似，可以作为分析疫情是否为一次暴露的参考。
3．分析、推理、假设：疫情资料经过以上综合、归纳、整理后，则应对以下问题做进一步分析，对病因或流行因素作出初步假设。
(1)暴发疫情是共同来源还是多源性？
如果一次暴发疫情其时间分布近似常态分布偏左，并且病例出现到结束的时间相当于该病的最短和最长潜伏期间隔，则可由此推论该次疫情可能为共同传染来源引起的暴发疫情。反之，如疾病的分布是由少到多呈逐渐增长的趋势，其病例出现到结束的时间较长，远远超过该病的潜伏期，则此种疫情可能不是由共同传染来源引起的，而为多源性传播。
另外，从疾病按地区和时间相结合的分布，对分析是否为共同来源引起的暴发疫情也有一定参考意义。如果不同单位的发病均在同一时间内出现，则可能为同源暴发；反之，如各单位病例的出现时间有早、有迟，则可能为多源性传播。
(2)共同传染来源引起的暴发疫情，是一次暴露，还是多次暴露？
如疾病流行的时间分布不呈偏常态分布，而是较快上升，但持续时间较长，经采取某项措施后经一段时间（大约相当于该病的潜伏期）急剧下降，同时疾病出现的起止时间超过该病的最长潜伏期，此种疫情则有可能为多次暴露而引起。此与多源性传播的曲线明显区别点在于不是逐渐增长。
(3)如判断为一次暴露引起的暴发疫情，可以从病例在时间上的分布来估算该病的潜伏期。如多数病例集中在数小时内发生，则其潜伏期必在数小时范围内；如多数病例集中在数日之内发生，则其潜伏期必在数日之内，如此类推。根据这样估算出来的潜伏期，可以核查最初做出的诊断是否正确。
在上述疾病暴发（或流行）的时间、地区、人群分布及流行状态等特点分析的基础上，经过分析、推理就可提出病因（或流行因素）的初步假设，作为进一步调查分析的指南。初步假设作出后，可参考该疾病现有的知识并结合疾病分布特点，用排除法做进一步推论，决定哪一个因素最为可能。如果不能确定，则在进一步调查时再确定。（三）进一步调查和分析
经过初步调查和分析所形成的病因（或流行因素）假设，还必须经进一步的调查和分析来检验以求证明其真实性。检验病因（或流行因素）的假设一般分为两步进行：第一步用回顾性对比调查方法，对某项假设找出有显著性差异的统计学联系；第二步用实地流行病学观察并配合必要的化验检查以进一步阐明其具体因素，即说明为什么会有以上的统计学联系。
1．检验病因（或流行因素）假设的第一步
(1)暴露时间的确定：如为共同传染来源一次暴露所引起的暴发疫情，暴露时间的确定可从以下几方面考虑：①从发病高峰时间向前推一个常见潜伏期（或最长与最短潜伏期间隔）；②在可能暴露时间内，从不同人群发病率的差别寻找暴露时间的线索；③从特殊事例中找线索。以上三种方法推算的可能暴露时间必须基本吻合，才能成立。
暴露时间确定后，则可根据疾病的暴露时间计算该病的平均潜伏期，并以此潜伏期的长度与最初诊断相验证。
(2)收集"正面"和"反面"材料进行对比调查：用对比调查方法对初步分析中形成的假设进行验证。如确定为共同传染来源所引起的暴发疫情，其"反面"材料则是续发情况如何？可从家庭续发率和原发病例与续发病例之比二项指标，说明共同传染来源是否存在。
进一步对病因（或流行因素）的假设采集"正面"或"反面"的材料进行对比调查以验证。可进行病例对照和队列研究来验证假说。即在可能暴露时间内，调查有某种暴露因素的人群（即"正面"）和无暴露因素的人群（即"反面"）发病数，并比较其发病率的差别。或按病例对照调查方法，调查病例和对照中某因素存在的例数，计算OR值。
(3)混杂因素的发现和排除：对以上分析所见到的有统计学意义的某些因素，有时还要用分层分析方法验证是否有混杂因素的存在。经分层后有关发病率的差别如不能恒定地在各层中出现，那么这些差别则可能为混杂因素的干扰，而并非真正的病因（或流行因素）。
(4)收集特殊事例也可作为验证某项流行因素的佐证。
2．检验病因（或流行因素）假设的第二步：现场流行病学观察，并采集必要的材料进行化验检查。对以上分析所得疾病暴发（或流行）因素的证据仅仅表明了统计学上的联系，还必须再深入发病现场做更深入的调查和观察。同时，采集必要的标本进行化验检查，以期弄清发病的具体条件和因素（有时可以追查到传染源）。（四）评价措施效果并对病因（或流行因素）做最后的验证
调查分析不是流行病学的最终目的，最终是要控制疫情。而应根据调查分析的结论及早采取相应措施以控制暴发或流行，并通过针对性措施的实行，反过来验证调查分析的结论是否正确，从中总结出经验教训。
暴发疫情干预措施的采取应注意，干预措施应贯穿于整个调查处理过程中，并随着调查的深入不断进行修正。即调查分析与防治措施相结合，重点措施与一般措施相结合。对干预措施的效果还需进行评价。
在评价措施效果时，要注意两点：①必须从采取措施之日起向后推一个疾病的最长潜伏期，此后所见到的疫情上升或下降情况才与措施有关。②如为共同传染来源引起的暴发疫情，若采取措施的时间落后于疫情高峰，则疫情的下降显然与措施无必然关联。