病例为急性根尖周炎转为慢性，清除感染源应为治疗的首要任务，因为存在残根，所以牙髓炎症是引起根尖周炎的主要原因，应做根管治疗，清除根管内牙髓感染源，故D正确；由于根尖部已存在外吸收，根尖孔形态破坏，禁忌做塑化治疗，排除A;覆盖义齿应在完善的炎症治疗基础上进行，排除B；根尖部囊肿未形成，不适宜根尖手术，排除C；根尖周病的治疗应尽量保存患牙，在根尖周病变较大或合并其他疾病，经过治疗无效的情况下，或者可疑为病灶牙时，才考虑拔除患牙，排除E。所以此题选D。