短暂性脑缺血发作的病因尚不完全清楚，普遍的公认的有两个学说：微栓子学说和脑动脉痉挛学说。高血压、糖尿病、高脂血症均是动脉粥样硬化的危险因素，易损斑块内微栓子易脱落至短暂性脑缺血发作的发生。心脏病患者可有心律失常，易产生附壁血栓，微栓子脱落导致短暂性脑缺血发作，也可发生血流动力学障碍，引起短暂性脑缺血发作。动脉瘤是脑出血的高危因素。