Dean氟斑牙分类按最严重的一颗牙计算，由于此患者那颗牙釉质明显磨损的要比其他两颗釉质白色不透明区严重，故本患者应该按那颗牙釉质明显磨损的来计算氟斑牙严重程度，在Dean氟斑牙分类标准中当釉质表面有显著磨损时，氟斑牙指数算为3，所以D正确。而其他选项错误，故本题选D。