沙眼衣原体可分为三个生物亚种，即沙眼生物亚种、性病淋巴肉芽肿生物亚种及鼠生物亚种，前两个亚种对人有致病性，鼠亚种则不侵犯人类，传染来源为人-人，鼠-鼠。原体含有质粒DNA，具有高度感染性，包涵体的基质含有丰富的糖原，碘染色阳性，青霉素对衣原体有抑制作用。