MBL激活补体发生在病原微生物感染早期。此途径开始于急性期蛋白与病原体的结合，而不是抗原复合物形成。是病原微生物表面的糖结构域甘露聚糖凝集素结合，进而一次激活MBL相关丝氨酸蛋白酶（MASP）、C4、C2、C3，形成和经典激活途径相同的C3和C5转化酶。其激活途径无须抗体参与。