疼痛是内异症的主要特征，典型症状为继发性痛经、进行性加重；疼痛与病灶大小不一定成正比；患者痛经多于月经来潮时出现，持续至整个经期；少数患者可表现为持续性下腹部疼痛，经期加剧；直肠子宫窝有异位病灶或因局部粘连使子宫后倾固定者，性生活可表现为深部性交痛，月经来潮前性交痛最明显。