始基囊肿发生于成釉器发育早期，成釉器受刺激后其星网层发生变性并有液体渗出蓄积形成囊肿。含牙囊肿是由于在牙冠形成后，牙冠面和缩余釉上皮之间有液体渗出而形成。根尖周囊肿主要是由根尖周肉芽肿发展而来。球上颌囊肿属于非牙源性囊肿。牙源性角化囊肿来源于原始的牙胚或残余牙板。