透明层牙本质龋最深层、最早出现的改变位于病变的底部和侧面，在透射光下呈均质透明状。这种透明是由于牙本质小管管腔变窄、管腔中有矿物盐沉积，使管腔内折光率与周围细胞间质相似所致。矿物晶体可先沉积于成牙本质细胞突起内，也可先出现于细胞突周围呈向心性沉积。晶体数量逐渐增多，最终可将小管完全堵塞。