选项A正确，II、III、IV、V级围岩无砟轨道隧道，VI级围岩隧道应进行沉降变形观测与评估。其他特殊条件有砟轨道隧道根据设计需要进行沉降变形观测与评估。选项B错误，隧道沉降变形观测期不应少于3个月。选项C正确，隧道沉降变形观测应以仰拱(底板)沉降为主。选项D错误，单座隧道沉降变形观测断面总数不应少于3个。选项E正确，隧道洞口至隧路、桥隧分界里程范围内观测断面不应少于1个。