孔隙含水层主要出现在煤系本身以含孔隙水为主的第三纪褐煤矿床，煤层露头部位或浅部直接上覆有孔隙含水层的煤矿床，在巨厚新生界含水层组覆盖下的煤矿床。三者各有其不同的充水特征。孔隙含水层一般埋藏较浅，易于得到大气降水和地表水的补给，它与地表水体的关系和大气降水的渗入强度往往是决定矿井充水量大小和变化过程的重要因素。孔隙含水层的富水性一般较裂隙含水层和岩溶含水层要均一，它多以比较均一的入渗形式向矿井充水，有时也造成流砂溃入矿井。在开采松散岩层下伏煤层时常会遇到上覆厚层松散层底部的砂砾石孔隙充水水源，其矿井涌水主要特点是不但有水流入矿井，而且常伴有流砂溃入。