2003年9月1日起施行的《中华人民共和国环境影响评价法》规定：建设项目的环境影响报告书应当包括建设项目对环境影响的经济损益性分析，而非所有的环境影响评价文件都包括，所以选项A错误；环境影响的经济损益分析对负面的环境影响估算出的是环境费用，对正面的环境影响估算出的是环境效益，也即将对环境的正面影响和负面影响货币化，所以选项B正确；环境影响的经济损益分析中，最重要的是对环境影响的货币化价值进行评估，即估计环境影响的经济价值，所以选项C正确；非使用价值又称内在价值，所以选项D错误；意愿调查评估法在很多情况下，是唯一可用的方法，并未说是目前应用较多的一种方法，所以选项E错误。