不同微生物之间、微生物与动物甚至人体之间有存在共同抗原的可能性。所以，尽管使用精提纯抗原进行检测，仍然存在交叉反应的可能性。使用分子克隆方法获得的蛋白质，不能认为就已经是精提纯抗原。因为任何克隆都必须在载体中表达，其中会含有受体细胞或表达系统中的成分，这些成分仍然能够引起交叉反应。