流动性比例和超额备付金比率属于商业银行流动性监管核心指标，A项正确；核心负债比例属于商业银行流动性监管核心指标，B项正确；流动性缺口比率属于商业银行流动性监管核心指标，C项正确；计算商业银行流动性监管核心指标应按照本币和外币分别计算，D项错误。故本题选D。