选项A正确，城市维护建设税的计税依据是纳税人实际缴纳的增值税、消费税税额，包括被税务机关查补的增值税、消费税。干扰选项：选项BD错误，城市维护建设税的计税依据不包括加收的滞纳金、罚款。选项C错误，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，其退还的增值税期末留抵税额应在计税依据中扣除。