心功能评价和定量分析是磁共振心脏检查除形态学检查外的又一主要目的。MRI可通过电影方式或通过一系列图像直接测量心腔径线及室壁厚度，进一步估计心室壁压力及每搏心输出量等心功能相关参数。包括全心室功能评估，左或右心室局部功能评估，室壁压力测定，瓣膜狭窄或反流程度和分流量的评估等。心肌标记评价局部心肌舒缩运动、屏气分段采集和回波分配法等提高了磁共振心功能测定的空间及时间分辨率。