黏膜免疫系统主要是通过产生分泌型IgA(slgA),和IgM发挥作用，slgA可以阻止微生物在黏膜上皮层驻扎繁殖，禁止其进入上皮层。特殊的位置、极其重要的作用使黏膜免疫系统形成与外周免疫系统迥然不同的解剖学结构、淋巴细胞和免疫反应分子机制。从数量上讲，黏膜免疫系统是免疫系统中最大的，这里的淋巴细胞数量较其他部分的总和还要多，60%的T细胞的工作岗位在黏膜。