牙本质龋的病理改变由病损深部向表面分为四层结构：A.透明层又称硬化层，为牙本质龋最深层、最早出现的改变，在透射光下呈均质透明状。C.脱矿层位于透明层的表面，是在细菌进入前，酸的扩散所导致的脱矿改变，此层牙本质小管形态仍然比较完整，小管内基本上无细菌侵入，故在去龋坏组织时可保留。D.细菌侵入层位于脱矿层表面，细菌侵入小管并繁殖，有的小管被细菌所充满，小管扩张呈串珠状。随着小管壁脱矿，有机物基质被蛋白溶解酶分解，小管相互融合形成大小不等的坏死灶。部分坏死区与牙本质小管垂直形成横向裂隙。E.坏死崩解层为牙本质龋损的最表层，此区几乎无正常牙本质结构保留，只是一些坏死崩解的残留组织和细菌等。B选项暗层属于牙釉质龋的病理改变。故本题正确答案为D。