本题考查存货清查的会计处理。被盗材料形成的净损失=40000（材料成本）+5200（需要转出的进项税额）-21000（获得保险公司赔偿的金额）=24200（元）；管理不善导致的材料被盗，材料的增值税进项税应作进项税额转出处理。该企业应编制的会计分录为：
批准处理前：
借：待处理财产损溢 45200
贷：原材料 40000
应交税费——应交增值税（进项税额转出） 5200
报批处理后：
借：其他应收款 21000
管理费用 24200
贷：待处理财产损溢 45200
选项A不当选，未将进项税额作转出处理；选项C不当选，未扣除保险公司的赔偿款；选项B不当选，未将进项税额作转出处理且未扣除保险公司的赔偿款。选项D当选。