由承包人提出的所有工程变更都必须经过监理工程师的同意。而由承包人提出的工程变更，肯定是经过项目经理和施工负责人同意的（选项A、D）；针对设计提出的工程变更，须经设计负责人同意，并不是承包人提出的所有工程变更都须经设计负责人同意（选项C）。因而，本题的答案应为B。