本题考查残疾人就业保障金。
选项A当选，具体计算过程如下：
（1）用人单位安排1名持有《中华人民共和国残疾人证》（1至2级）或《中华人民共和国残疾军人证》（1至3级）的人员就业的，按照安排2名残疾人就业计算。
（2）用人单位在职职工平均工资未超过当地社会平均工资2倍（含）的，按用人单位在职职工年平均工资计征残疾人就业保障金；超过当地社会平均工资2倍的，按当地社会平均工资2倍计征残疾人就业保障金。
（3）自2020年1月1日起至2027年12月31日，对残疾人就业保障金实行分档减缴政策。其中：用人单位安排残疾人就业比例达到1%（含）以上，但未达到所在地省、自治区、直辖市人民政府规定比例的，按规定应缴费额的50%缴纳残疾人就业保障金；用人单位安排残疾人就业比例在1%以下的，按规定应缴费额的90%缴纳残疾人就业保障金。
安排残疾人就业人数：3-1+2=4（人）。
安排比例=4÷350×100%=1.14%，超过1%，但未达到所在地要求的安排比例，按规定应缴费额的50%缴纳残疾人就业保障金。
年人均均工资28 749 000÷350=82 140（元）＜60 000×2=120 000（元），未超过限额。
综上，2024年甲公司应缴纳残疾人就业保障金=（上年用人单位在职职工人数×所在地省、自治区、直辖市人民政府规定的安排残疾人就业比例-上年用人单位实际安排的残疾人就业人数））×上年用人单位在职职工年平均工资×50%=（350×1.5%-4）×82 140×50%=51 337.5（元）。
选项B不当选，未考虑按规定应缴费额的50%计算缴纳的规定，全额计算应缴费额。
选项C不当选，误按应缴费额的90%计算。
选项D不当选，安排人数计算错误，未将1人持有《中华人民共和国残疾人证》（2级）按照 2人计算。导致减征比例也计算错误，误按照安排3人，按应缴费额的90%计算。