发明专利申请明显实质性缺陷审查主要包括审查是否属于专利法第五条（违反国家法律、社会公德）、第二十五条（不授予专利的类型）规定的情形，明显不符合专利法第二条第二款（不属于技术方案）、第二十六条第五款（说明遗传资源来源）、第三十一条第一款（不具备单一性）、第三十三条（申请文件修改超范围）的情形。是否进行保密审查属于形式审查的内容。