选项BC不影响应付账款运用分析方法揭示应付款项期末余额的变动是否合理。
具体措施有：
1.将本期各主要应付款项账户与上年比较，分析其波动原因。（A正确）
2.根据存货、营业成本的增减变动幅度，判断应付款项增减变动的合理性。
3.对应付款项占采购金额的比率、应付款项占当年流动负债的比率，进行对比分析，评价应付款项整体合理性。经过比较发现应付款项期末余额变动的不合理之处，应在其他环节加强审核。（CE正确）
4.检查长期挂账的应付款项，分析原因，判断被审计单位偿债能力。