选项A错误，工程总承包不以施工图项目作为工程量计算和计价的基础，因此工程量清单计价方式对工程总承包并不适用。
选项B错误，除合同另有约定外，应由承包人负责材料和设备的采购、运输和保管。
选项C错误，工程总承包为可调总价合同，已签约合同价中的预备费应由发包人掌握使用，发包人按照合同约定支付后，预备费如有余额，应归发包人所有；工程总承包为固定总价合同，预备费可作为风险包干费用，在合同专用条件中约定，预备费归承包人所有。
选项D正确，工程总承包模式中，发包人对建筑安装工程价款的计价，除专用合同条件约定的按照应予计量的实际工程量进行结算支付的单价项目外，不得以项目的施工图为基础对合同价款进行重新计量或调整。