公司借款的四种方案中，应当选择年有效利率最低的方案。
A方案的年有效利率：（1+3.6%/12）^12=3.66%
B方案的年有效利率：（1+4.4%/4）^4=4.47%
C方案的年有效利率：（1+5%/2）^2=5.06%
D方案的年有效利率：（1+5.5%/1）^1=5.5%
A方案的年有效利率最低，公司借款偿还的利息最少，对公司最有利。