补体的性质很不稳定，许多理化因素，如加热、机械振荡、紫外线照射、酸碱和酒精等有机溶剂处理等均可破坏补体。其中，加热56℃、30min是经典的补体灭活条件。在这个温度和时间条件下，补体各成分的活性会丧失，这是因为补体的蛋白质结构在这种温度和时间作用下发生了变性，导致其功能不能正常发挥。这种特性在实验研究和临床检验等诸多领域都有重要的应用，例如在血清学试验中，需要对血清进行补体灭活处理，以避免补体对实验结果产生干扰。