虽然细胞因子可以反映机体的免疫反应状态，在感染性疾病中可以提示炎症的存在，但细胞因子水平的变化通常是非特异性的。不同的病原体感染可能会引起相似的细胞因子反应。例如，多种细菌感染和病毒感染都可能导致TNF-α和IL-6水平升高，仅依靠细胞因子测定无法准确区分是哪种细菌或病毒引起的感染，即不能用于确定病原体种类。