选项A：活化生物素可以标记蛋白质酪氨酸残基，通过合适的化学反应实现，该选项不符合题意。选项B：蛋白质羧基一般较难直接用活化生物素标记，通常需要经过特殊的化学反应转化等才有可能标记，所以用活化生物素标记蛋白质羧基不常见，该选项符合题意。选项C：活化生物素可以与蛋白质氨基发生反应进行标记，该选项不符合题意。选项D：蛋白质醛基可以与活化生物素发生反应实现标记，该选项不符合题意。选项E：蛋白质巯基也可以用活化生物素进行标记，该选项不符合题意。