青霉素的作用机制是抑制细菌细胞壁中肽聚糖的合成，导致细胞壁缺损，细菌失去渗透屏障而膨胀、破裂，同时借助细菌自溶酶溶解而产生抗菌作用。而真菌的细胞壁主要成分是几丁质、纤维素等，无肽聚糖，所以青霉素对真菌无效。选项A真菌有细胞壁；选项B产氨基糖苷钝化酶是细菌对氨基糖苷类抗生素耐药的机制之一；选项C基因突变可导致细菌对多种抗生素产生耐药性，但不是青霉素对真菌无效的原因；选项E“真菌对青霉素天然耐药”是结果而不是原因，其本质原因是真菌细胞壁无肽聚糖。所以选D。