芽孢是细菌的一种特殊结构，芽孢受外界环境条件影响发生变异，比如芽孢的大小、形态、位置等发生改变，这属于形态和结构变异。选项B培养特性变异主要指细菌在培养基上的生长表现，如菌落形态、生长速度等方面的变化；选项C毒力变异是指细菌致病性的改变；选项D耐药性变异是指细菌对药物敏感性的改变；选项E酶活性变异是指细菌体内酶的活性发生变化。所以本题选A。