A选项细菌的快速检测：PCR（聚合酶链反应）技术可以快速扩增细菌的特定基因片段，从而实现对细菌的快速检测，缩短检测时间。B选项细菌毒素的检测：通过设计针对细菌毒素基因的引物，利用PCR技术可以检测细菌是否携带产生毒素的基因，从而间接检测细菌毒素。C选项细菌耐药性的检测：可以扩增与细菌耐药相关的基因，了解细菌的耐药机制和耐药情况。D选项细菌流行病学调查：通过分析不同菌株的基因特征，利用PCR技术可以进行细菌的分型和溯源，用于流行病学调查。E选项细菌的形态学检测：PCR是基于核酸扩增的技术，主要用于检测细菌的基因，不能直接用于细菌的形态学观察，细菌的形态学检测主要通过显微镜观察等方法，该选项符合题意。