革兰染色后在普通显微镜下可以观察到细菌的形态，如球形、杆形、螺旋形等；芽孢壁厚，折光性强，经特殊染色后在普通显微镜下可见；异染颗粒是细菌细胞质内的一种颗粒，用特殊染色方法可以在普通显微镜下观察到；荚膜是某些细菌细胞壁外的一层黏液性物质，经过特殊染色后也能在普通显微镜下看到。而质粒是细菌染色体外的小型环状双链DNA分子，其大小和结构在普通显微镜下无法直接观察到，所以答案选E。